Санаторий Магистральный расположен на восточной окраине г.Барановичи Брестской области. Санаторий находится в лиственно-хвойном урочище «Гай». Санаторий находится в 800 м. от озера Жлобинское, в окружении смешанного и соснового леса. В 40 км. от санатория "Магистральный" находится озеро Свитязь, на его берегу расположено одноименное отделение санатория.
На территории санатория произрастают туя, можжевельник, ель, сосна, берёза, ясень, ива, липа, самшит, роза, сирень, акация, рододендрон, пихта.